José Antonio Fajardo fue flautista y director de orquesta destacada en la música cubana. Comenzó sus estudios de música con su padre Alberto Fajardo, de cuya orquesta luego sería maraquero. Con Fernando Sánchez se iniciaría en la flauta.
En 1933 se traslada a La Habana donde trabajaría con las orquestas Romance Musical, la de René Álvarez, Pablo del Castillo, Armando Valdespí, Paulina Álvarez, Antonio María Romeu, Neno González y Arcaño y sus maravillas.
Trabajaría en el cabaret Kursal, donde era pianista Dámaso Pérez Prado, y también en la Academia de Baile de Marte y Belona.
En 1949 funda su orquesta charanga Fajardo y sus Estrellas, una de las más populares en los años 50 en Cuba. Entre sus integrantes estaban José Antonio Fajardo, director y flauta; René Hernández, piano; Orlando López (Cachaito), contrabajo; Félix Reyna e Ignacio Berroa, violín; Jesús Esquijarrosa, timbal; Carlos Real, tumbadora; Rolando Valdés, güiro; Joseíto Valdés, cantante.
Con Fajardo y sus Estrellas se introduce por primera vez los platillos en el timbal e incorpora el cencerro y el bongó en el formato charanguero, su agrupación fue una de las sensaciones de la época de oro del chachachá y la pachanga.
Con esta agrupación debutaron en Radio García Serra y se presentaron en los cabarets Montmartre y Tropicana, en el hotel Havana Hilton (hoy Habana Libre). Realizaron gira por Nueva York acompañados por los músicos Ulpiano Díaz, Arístides Soto (Tata Güines), entre otros.
Para 1961 se radica en Nueva York y funda una orquesta con nombre similar a la organizada en La Habana; actuarían en el Palladium, en el Madison Square Garden y en algunos centros del Village Gate. José Antonio Fajardo realizó giras por Japón, África, Colombia, Venezuela y Canadá.
Fallecería en 2001, en Nueva York, a los 82 años.

Obras
- Aguardiente.
- De batalla.
- Fajardo te pone a gozar.
- Juan cuchillo.
- Lindo Puerto Rico.
- Los tamalitos de Olga.
- Ritmo de pollo.
- Por la maceta.
- Sayonara.
- Kikiriki.
- Los panchos de Atarés.
- Hay que rico amor.
- Navidad con amor.