Juan de Dios Echemendía se trasladó a La Habana en 1878, donde aprendió la ejecución de la guitarra con Antonio Torres e integró la Tanda de Guaracheros, que él mismo dirigía. Formó parte también del coro de clave El Prestigio y más tarde regresó a su ciudad natal, donde organizó y dirigió el coro de clave La Yaya.
Juan de Dios Echemendía era practicante del culto abakuá es por eso que los tambores de cuñas utilizados, en el coro La Yaya son por su fundamento carabalí, aspecto que lo diferencia del resto de esos coros existentes hasta nuestros días.
Juan de Dios Echemendía fue maestro de guitarra de Rafael Gómez Mayea (Teofilito) y de Miguel Companioni.